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Der 1863 nach dreijähriger Bauzeit fertig gestellte Allerkanal beginnt bei Weyhausen kurz hinter dem Stadtgebiet von Wolfsburg, wo er Zufluss von der Kleinen Aller erhält. Hier zweigt sich auch die Aller in ihren natürlich Flussverlauf und den Kanal auf. Der Kanal führt fast schnurgerade durch das Feuchtgebiet Barnbruch bis nach Gifhorn, wobei er die Stadt südlich umgeht. Westlich von Gifhorn nutzt der Kanal das ausgebaute und verbreiterte Bachbett der Helenriede. 5 km westlich von Gifhorn bei Brenneckenbrück an der B 188 mündet der Kanal in die Aller. Ungefähr einen Kilometer vorher fällt das Kanalwasser etwa einen Meter tief über ein Wehr. Der Fluss fließt parallel einige Kilometer nördlich des Kanals und bildet in diesem flachen Bereich des Aller-Urstromtals engräumige Flussschleifen, die auf natürliche Weise die Abflussgeschwindigkeit mindern.