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Die Kleine Aller entspringt im Bromer Ortsteil Wiswedel auf 78m über NN. Sie entwässert durch ein in den letzten Jahrhunderten immer weiter ausgebautes Grabensystem.

Das Kiebitzmoor westlich vom Tülau und das Vogelmoor nördlich von Barwedel. In diesem Bereich erhält sie auch Zufluss durch die Rhodische Aller. Anschließend fließt die Kleine Aller nach Süden und führt an Bergfeld, Barwedel, Tiddische, Hoitlingen, Jembke und Tappenbeck vorbei. Ab der Höhe von Jembke bildet sie die Grenze zwischen dem Landkreis Gifhorn und der Stadt Wolfsburg.

Der Fluss passiert des Weiteren Wolfsburg - Brackstedt und Wolfsburg - Warmenau, um südlich von Weyhausen in den Allerkanal bei 55,5. über NN zu münden, der wenige hundert Meter zuvor von der Aller abzweigt.

Renaturierungen fanden in Abschnitten bei Tülau , Bergfeld und Tiddische statt, wo auch streckenweise ein neuer Verlauf angelegt wurde. Die dabei naturnah gestalteten Bereiche wurden mit Erlen bepflanzt. Die Bäume bieten dem Fluss Schatten, da er größtenteils der Sonne ausgesetzt ist

Die Sonneneinstrahlung führt zu starken Verkrautungen, was zu einer Verschlammung des Flussbettes beiträgt.